Le cloître de Saint-Genis est unique en Roussillon de part: la polychromie de ses marbres blancs (de Céret), roses (de Villefranche de Conflent) et noirs (des Corbières Catalanes).

Au vieux thème Roman de la faune et de la flore, l'Art de Saint-Genis en associe de nouveaux, puisés dans l'environnement local : tortue, feuille d'olivier...

L'église Saint-Michel, construite en 778/780, est de la même période que l'ensemble du monastère.

Aux alentours de 885, elle est pillée et partiellement détruite par le feu par une attaque des normands.

Parachevée au Xeme et XIIeme siècles, sa nouvelle consécration a lieu an 1127.

Elle présente un plan en croix latine avec une simple nef débouchant sur un transept saillant et trois absides. A l'intérieur, on retrouve des vestiges de la construction originelle (soubassement carolingien), ainsi que de nombreux retables du XVIeme et XIXeme siècle.

Installé en façade de l'église, le linteau (en marbre blanc de Céret) est une œuvre monumentale.

Connu comme la plus ancienne sculpture romane datée dans la pierre (1019-1020), il représente le Christ bénissant entouré d'une mandorle perlée soutenue par de deux archanges et entourée de deux groupes de trois personnages bibliques.